Muzeum powstało 30 stycznia 1990 roku, jako Muzeum Historii Polskich Ruchów Niepodległościowych i Społecznych. Obecną nazwę placówka uzyskała w 1991 roku. Główną siedzibą muzeum stał się Pałac Przebendowskich/Radziwiłłów, gdzie w latach 1955-1989 mieściło się Muzeum Lenina. Muzeum Niepodległości objęło trzy oddziały: Muzeum X Pawilonu Cytadeli Warszawskiej, Mauzoleum Walki i Męczeństwa Szucha oraz Muzeum Więzienia Pawiak. 

W 1992 roku Muzeum uzyskało status Narodowej Instytucji Kultury. W latach 1990-2008 placówka zorganizowała ponad 200 wystaw, które odwiedziło blisko 2 mln widzów. Muzeum Niepodległości prowadzi urozmaiconą, intensywną działalność edukacyjną (lekcje muzealne, seanse filmowe, spektakle teatralne, konkursy, odczyty i sesje popularnonaukowe), artystyczno-kulturalną (programy słowno-muzyczne, koncerty), popularyzatorską (promocje książek, spotkania autorskie) i wydawniczą. 

fot. Adrian Grycuk, CC BY-SA 3.0 PL, via Wikimedia Commons