Jezioro Mikołajskie ma powierzchnię 5 km², długość 5,8 km, maksymalną szerokość 1,6 km i maksymalną głębokość 25,9 m. Pod mostem drogowym w Mikołajkach, łączy się z jeziorem Tałty. W południowo-wschodniej części łączy się z jeziorem Śniardwy przez Przeczkę, cieśninę między Dybowskim a Popielskim Rogiem. W południowo-zachodniej części łączy się bezpośrednio z jeziorem Bełdany. Granica między tymi jeziorami przebiega w sposób umowny na wysokości cypla półwyspu Popielskiego Rogu. Akwen zasilany jest wodami jeziora Tałty, od północy i Bełdany od południa. Na zachodnim brzegu jeziora rozciąga się Puszcza Piska.

Dno jeziora jest urozmaicone, z licznymi głęboczkami, liczne zatoki świadczą o dobrze rozwiniętej linii brzegowej. Brzegi jeziora na ogół wysokie, w południowo-wschodniej części płaskie. Roślinność to 20% powierzchni jeziora, połowa to roślinność zanurzona (ogatek, moczarka, edestnice, ramienice), w bezpośrednim otoczeniu jeziora dominuje las, nieużytki i grunty orne.





Zdjęcie: User:Merlin, CC BY-SA 3.0 , via Wikimedia Commons