Pieniński Park Narodowy zajmuje najcenniejsze pod względem przyrodniczym i krajobrazowym obszary Pienin Właściwych: Masyw Trzech Koron, Pieninki, Pieniny Czorsztyńskie, Pieniński Przełom Dunajca. Z Pienin Spiskich w obszar parku włączono tylko Zielone Skałki.

Pieniński Park Narodowy ma najwyższy wskaźnik nasilenia ruchu turystycznego w przeliczeniu na 1 ha. wśród wszystkich polskich Parków Narodowych. Udostępniono 35 km. szlaków turystycznych dla turystów. Zalicza się do nich także stanowiący atrakcję na skalę europejską spływ tratwami przełomem Dunajca (trasę można przejść także pieszo Drogą Pienińską). Na Trzech Koronach i Sokolicy dla turystów przygotowano galerie widokowe. Atrakcją jest również Zamek w Czorsztynie. Park ma powierzchnię 2346 ha. "Siódme Walne Zgromadzenie pozostając pod głębokim wrażeniem wspaniałości Przełomu Dunajca i Pienińskiego Parku Narodowego, wyraża przekonanie, że jest to tak pod względem botanicznym, jak i ze względu na piękny krajobraz jedno z najpiękniejszych i najcenniejszych miejsc w Europie".

Historia Parku zaczyna się w 1921 roku kiedy to z inicjatywy profesora Władysława Szafera wokół ruin Zamku w Czorsztynie powstał rezerwat dla ochrony łąk (7,5 ha.). W 1924 roku zawarto porozumienie z rządem Czechosłowacji w sprawie wspólnego utworzenia przygranicznych obszarów chronionych i uregulowania turystyki. Pod koniec lat 20. rozpoczęto wykup prywatnych gruntów z przeznaczeniem pod utworzenie pierwszego w Polsce parku narodowego. Park po stronie polskiej powstał 1 czerwca 1932 roku a po stronie Czechosłowackiej w sierpniu 1932 roku. Jeszcze przed II wojną światową powiększano obszar parku poprzez dalsze wykupy, powstały też małe prywatne rezerwaty w Małych Pieninach. W 1955 roku obszar parku uległ powiększeniu do 2231 ha poprzez włączenie w skład parku terenów należących do chłopów i gromad wiejskich (ale z prawem do użytkowania przez nich).

Urozmaicona rzeźba terenu, różnorodność mikroklimatów i siedlisk sprawiają, że mimo niewielkiej powierzchni parku jego flora jest bardzo urozmaicona i zróżnicowana. Najciekawsza roślinność występuje w Masywie Trzech Koron z Wąwozem Szopczańskim i na niedostępnej północnej ścianie Smolegowej Skały. Na obszarze parku występuje 1100 gatunków roślin naczyniowych, w tym 2 endemity: pszonak pieniński i mniszek pieniński. Występuje tu aż 167 gatunków roślin górskich, mimo że Pieniny mają niewielką wysokość. Opisano także ponad 550 gatunków grzybków kapeluszowych, 400 gatunków glonów, 400 gatunków porostów, 230 gatunków mchów i ciągle opisywane są nowe. Unikatami, które na terenie Polski występują wyłącznie w Pieninach są także: chaber pieniński, pienińska odmiana bylicy piołunu, złocień Zawadzkiego, reliktowa sosna czy jałowiec sabiński.
W lasach i na ich obrzeżach zakwitają: pierwiosnek lekarski, pierwiosnek wyniosły, śnieżyczka przebiśnieg, żywiec głuczołowaty, miesiącznica trwała i lepiężniki. Bardzo bogate gatunkowo są łąki pienińskie. Z rzadziej występujących roślin wymienić można gatunki storczyków: m.in. dwulistnik muszy, storczyk bzowy, storczyk męski, storczyk szerokolistny oraz imponujący ostrożeń głowacz czy ciemiężyca zielona.

Niezwykle interesujący jest także świat zwierząt. W Pieninach występuje ponad 7000 gatunków, w tym około 235 kręgowców. Z większych ssaków występują: sarna, kuna leśna, żbik, ryś, dzik, jeleń, borsuk. W jaskiniach występuje około 15 gatunków nietoperzy. Najliczniejszy wśród nich jest rzadki już w Europie podkasaniec mały. Z gryzoni występuje tu rzadka mysz małooka. Doliczono się także około 160 gatunków ptaków, w tym około 100 gniazdujących. Z gatunków naskalnych wymienić warto nagórnika, pomurnika, kopciuszka i gniazdującego również w skałach bociana czarnego, a z rzadszych drapieżników puchacza. W Dunajcu żyje głowacica.
Pienińskie łąki słyną z różnorodności motyli, ogólnie w Pieninach naliczono ich około 1600 gatunków, 6% z nich to ciepłolubne gatunki, w Polsce znane tylko z Pienin lub rzadko występujące poza nimi. Najsłynniejszy z nich to niepylak apollo. W Masywie Trzech Koron, na bukach występuje – wymierająca już w Polsce – nadobnica alpejska. Naukowcy co roku opisują w Pieninach nowe gatunki bezkręgowców.

Działalność Parku:
- Żeby silnie zmienione przez kilkusetletnią działalność człowieka drzewostany przywrócić do naturalnych, prowadzi się ich przebudowę poprzez nasadzenia. Stanowiska występowania cennych okazów drzew są monitorowane, a w razie potrzeby podejmuje się czynne zabiegi ich ochrony.
- Dla zachowania bioróżnorodności Pienin bardzo ważne są łąki. Aby nie dopuścić do ich zarośnięcia lasem, są one systematycznie koszone, a siano jest wywożone. Na 20 półarowych poletkach tych łąk pracownicy parku co roku sporządzają tzw. zdjęcie fitosocjologiczne – spis wszystkich gatunków roślin naczyniowych.
- Uruchomiono specjalny program dla ochrony motyla niepylaka apollo: hodowla, monitoring, znakowanie, koszenie łąk, na których występuje.
- Dla zachowania różnorodności przyrodniczej i kulturowej utrzymuje się na Hali Majerz tzw. kulturowy wypas owiec.
- Dokonywana jest reintrodukcja niektórych gatunków, np. sokoła wędrownego.
- Przy głównych wejściach do parku znajduje się 5 pawilonów Pienińskiego Parku Narodowego (jeden z nich w budynku dyrekcji parku), w których zapoznać się można z przyrodą Pienin i udzielana jest informacja turystyczno-przyrodnicza. Przy trzech z nich (w Krościenku, Sromowcach Niżnych i Szczawnicy) istnieją ogródki skalne z charakterystycznymi dla pienińskich piargów i skał gatunkami roślin.
- Każdej wiosny podejmowana jest akcja ochrony płazów wędrujących przez drogę do Sromowiec-Kąty (osiatkowanie drogi i codzienne przenoszenie płazów na drugą stronę drogi). Żeby nie składały skrzeku w zbiorniku wyrównawczym Jeziora Czorsztyńskiego, gdzie nie miałby on szans na rozwój, został on zabezpieczony przed płazami, a dla ich rozrodu wykonano specjalne stawki.
- Dzięki licznym i trwającym już 150 lat badaniom naukowców szczegółowo udokumentowano florę i faunę parku. Zaraz po utworzeniu Parku w 1936 roku opracowano bardzo szczegółowy plan gospodarczo-leśny (m.in. policzono i pomierzono wszystkie drzewa i większe krzewy).