Obecna kaplica została wybudowana na miejscu poprzedniej, która uległa zniszczeniu przez pożary w latach 1587 i 1656. Powstała w latach 1689-1690.
W XIX wieku po raz pierwszy zaczęto ją łączyć z miejscem dawnych kultów pogańskich, podobnie jak wcześniej kościół parafialny Najświętszego Salwatora. Od tamtej pory przylgnęła do niej nazwa Gontyny.
Drugiego kwietnia 2008 roku przed kaplicą poświęcono pomnik Jana Pawła II. Pomnik stanął w miejscu, z którego według tradycji Karol Wojtyła ruszył z akademicką młodzieżą na wycieczkę pieszą do Doliny Mnikowskiej, by uczestniczyć w Nieszporach odśpiewanych u stóp wizerunki Matki Bożej, namalowanej na skale.

Kaplica wykonana jest z drewna, o konstrukcji zrębowej na ośmiobocznym planie. Zewnętrzne ściany oszalowane są pionowymi deskami a dach pokryty jest gontem. Wejście główne do kaplicy prowadzi przez portal z nadprożem wyciętym w tzw. "ośli grzbiet" i jest zdobione zabytkowymi okuciami przy drzwiach z XVII wieku.
Obecnie we wnętrzu znajduje się ołtarz pochodzący z sąsiedniego kościoła Najświętszego Salwatora oraz ołtarz z kościoła św. Wojciecha.
W pobliżu Kaplicy Św. Małgorzaty i Św. Judyty znajdują się:
Kościół św. Augustyna i św. Jana Chrzciciela,
Kościół Najświętszego Salwatora,
Klasztor ss. Norbetanek.
Obiekty te należą do najstarszych zabytków Krakowa.





Opracowano na podstawie wikipedii.
Zdjęcia: Zygmunt Put Zetpe0202 [CC BY-SA (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0)]