Pomysł utworzenia Muzeum zrodził się w 2004 roku podczas jubileuszu 230-lecia budowy Kanału Bydgoskiego.

29 września 2006 roku miało miejsce uroczyste otwarcie placówki w wyremontowanym pomieszczeniu na terenie III LO w Bydgoszczy, mieszczącej się w rejonie plant nad Kanałem Bydgoskim. Obecnie muzeum mieści się w budynku dawnego przedszkola przy ul. Staroszkolnej. 

Statutowymi celami Muzeum są m.in.:
- ocalenie pamięci o twórcach kanału oraz o ludziach, którzy swoje życie związali z hydrotechniką i żeglugą śródlądową,
- gromadzenie i udostępnianie pamiątek związanych z Bydgoskim Węzłem Wodnym,
- upowszechnianie tradycji handlu i żeglugi bydgoskiej,
- przedstawianie Bydgoszczy widzianej z perspektywy wody, a także roli Bydgoskiego Węzła Wodnego w Polsce i w Europie,
- popularyzacja plant nad Starym Kanałem Bydgoskim.

Na wystawie w Muzeum znajdują się eksponaty i zdjęcia przedstawiające Kanał Bydgoski, żeglugę, pracę oraz życie codzienne toczące się nad kanałem. 
Wśród eksponatów zobaczyć można m.in.: , kopię obrazu Christiana Rode pt. „Fryderyk Wielki oglądający plany Kanału Bydgoskiego”, hamburkę – wioślarską dębową łódź z 1910 roku, przedmioty związane z pracą barkarzy czy mundury marynarzy i szyprów żeglugi śródlądowej.


fot. Kanał Bydgoski