Nazwana zostałą Beit Szmuel na część sławnego białostockiego rabina, wybitnego działacza syjonistycznego Samuela Mohylewera. Podczas II wojny światowej hitlerowcy podpalili synagogę.

Po wojnie budynek przebudowano z przeznaczeniem na kino, a następnie na halę i klub sportowy. Obecnie budynek jest pozbawiony swojego oryginalnego mauretańskiego wyglądu, w jakim został pierwotnie zbudowany. Od strony podwórza zachowało się sześć oryginalnych półokrągle zakończonych okien oraz apsyda na Aron ha-kodesz. Synagoga Beit Szmuel jest jednym z punktów otwartego w czerwcu 2008 roku Szlaku Dziedzictwa Żydowskiego w Białymstoku opracowanego przez grupę doktorantów i studentów UwB – wolontariuszy Fundacji Uniwersytetu w Białymstoku.

Na jednej ze ścian dawnej synagogi znajduje się tablica pamiątkowa w języku polskim i hebrajskim o treści: "Tu była Boźnica żydowska im. Wielkiego Rabina Shmuela Mohilewera".