Jest to jezioro polodowcowe morenowe. Dno jeziora jest zróżnicowane z licznymi zagłębieniami i wypłyceniami, przy czym część południowa jest znacznie płytsza, dno porasta roślinność wynurzona i podwodne łąki złożone z ramienic. Brzegi jeziora niskie i podmokłe, w części porośnięte lasem.

Powierzchnia jeziora wynosi około 10.000 ha. Zwierciadło wody znajduje się na wysokości około 116 m.n.p.m. Średnia głębokość wynosi około 10,5 metra a głębokość maksymalna 44 metry.

Według Komisji Nazw Miejscowości i Obiektów Fizjograficznych (KNMiOF) nazwa "Mamry" odnosi się jedynie do jeziora nazywanego Mamrami Północnymi.

Mamry mają trzy wydzielone części:
- Bodma,
- Mamry Małe,
- Przystań.

Część publikacji pod nazwą Mamry opisuje cały kompleks złożony z 6 połączonych ze sobą jezior: Mamry Północne, Kirsajty, Kisajno, Dargin, Święcajty, Dobskie.

W kompleksie znajdują się aż 33 wyspy o łącznej powierzchni 213 ha. Część z nich na jeziorach Mamry i Kisajno tworzy rezerwat ornitologiczny. Największa z wysp (Upałty) jest jednocześnie największą w całej Krainie Wielkich Jezior. Z Mamr wypływa rzeka Węgorapa. Przez jezioro prowadzi trasa żeglugowa z Węgorzewa przez Giżycko, Mikołajki do Pisza i Rucianego-Nidy.



W przeszłości jeziora kompleksu Mamry tworzyły oddzielne zbiorniki połączone strumykami. Poziom wody w jeziorach podniósł się w XVI-XVII wieku o kilka metrów. Na podniesienie poziomu wody miały wpływ: zapora na Węgorapie i ruchy skorupy ziemskiej - wynoszenie gruntu w północnej części kompleksu o 11 mm rocznie. Pod wodą znalazły się m.in. dawna droga do kościoła z Kalu do Węgielsztyna, cmentarze pruskie i niektóre osady.