Budynek położony jest na skarpie wiślanej, w parku im. marszałka Rydza-Śmigłego.

Pierwotnie był to pawilon loży masońskiej, wzniesiony w latach 1779-1781 według projektu Szymona Bogumiła Zuga. W latach 1934-1935 został gruntownie przebudowany przez Bohdana Pniewskiego z przeznaczeniem na własny dom.

W 1944 roku w czasie powstania warszawskiego prowadzone były zacięte walki w rejonie Sejmu i Powiśla, a willa Pniewskiego przechodziła z rąk do rąk. W połowie września raniono tu kilku powstańców m.in. 12 września nieznany z nazwiska powstaniec z obsługi Piata, który z willi ostrzeliwał niemieckie czołgi atakujące od strony Sejmu.

W czasie II Wojny Światowej rodzina Pniewskiego została wysiedlona z budynku. Architekt wrócił do willi dopiero po 1945 roku i był jej właścicielem aż do śmierci w 1965 roku. W tym samym roku obiekt wpisano do rejestru zabytków.

Rok później willę zakupiła Polska Akademia Nauk z przeznaczeniem na cele muzealne. Po zakupie willi, na podłodze, parapecie i klatce schodowej wyłożonej marmurem znaleziono zakrzepnięte ślady krwi wsiąkniętej w kamień posadzi. Wcześniejsze podejrzenia, że jest to krew powstańca warszawskiego potwierdzono w 1978 roku dzięki badaniom ekspertów Instytutu Kryminalistyki i Kryminologii Akademii Spraw Wewnętrznych. W 1980 roku na klatce schodowej umieszczono tablicę z napisem: "Utrwalone w marmurze ślady krwi przelanej przez nieznanego Powstańca Warszawy w 1944 roku. W 2004 roku, z okazji 60. rocznicy wybuchu powstania ślady te (dla ochrony) przykryto szklaną taflą.



Znajdujący się na frontowej fasadzie budynku napis:
SCANDIVS
DD AR
FX
TAMRC+
ma oznaczać: Pnący się przebudował świątynię masonów i zamieszkał w niej.



Zdjęcia: Qkiel, CC BY-SA 4.0 , via Wikimedia Commons