Kościół został zbudowany w latach 1720-1722. 27 kwietnia 1722 roku świątynia i klasztor zostały oficjalnie konsekrowane. Majątek kościoła i klasztoru nie należał do największych, utrzymywane były z datków na msze wypominkowe i za posługi kościelne. Na co dzień zakonnicy zajmowali się uprawą warzyw, owoców, ryb i dwóch mułów.



W 1787 roku w okresie rozbiorów władzę wydały rozkaz kasacji jednego z rzeszowskich zakonów. Po uprzednim usunięciu elementów kultu żołnierze utworzyli w kościele magazyn.



W 1922 roku władze polskie postanowiły rozlokować w Rzeszowie polskie siły zbrojne. W świątyni powstała parafia garnizonowa, budynek odnowiono i zrekonstruowano. W czasie II wojny światowej ponownie kościół zamieniono na magazyn, wyposażenie kościoła zostało ukryte przez partyzantów, natomiast tablice, m.in. upamiętniającą Nieznanego Żołnierza postanowiono zostawić jako świadectwo "walki z radzieckim komunizmem”. Po zakończeniu wojny, w 1946 roku doszło do odnowienia parafii wojskowej.