Średnia głębokość jeziora wynosi 9,4 m. natomiast maksymalna dochodzi do 52 metrów. Lustro wody znajduje się na wysokości 118 m.n.p.m.

Jezioro to jest rozczłonkowane: północno-wschodnia odnoga jeziora to jezioro Przepiórka, zachodnia to Jezioro Stackie, a południowa to jezioro Czarnowiejskie. Brzegi jeziora są wysokie, miejscami zalesione.

Walory przyrodnicze na brzegach Jeziora, a szczególnie lasy sosnowe, tworzą specyficzny mikroklimat. Na powierzchni Jeziora Rajgrodzkiego spotkać można wiele gatunków ptactwa wodnego. Zbiornik ma dogodne warunki do rozwoju żeglarstwa i wędkarstwa. W zbiorniku wśród ryb licznie występują: okoń, szczupak, miętus, sieja, sielawa, ukleja, płoć, węgorz, leszcz.