Zakłada się, że budowa kościoła zakończyła się w 1345 roku, ale nie ma potwierdzenia tej informacji w wiarygodnych źródłach. Dlatego przyjęto, że kościół powstał na przełomie XIV i XV wieku. Jest to kościół zbudowany w stylu gotyckim na planie prostokąta. Od zachodniej strony mieści się wieża wzniesiona na rzucie kwadratu. W niej znajduje się główne wejście do kościoła, ozdobione ostrołukowym portalem.

Do wyposażenia kościoła należą m.in. barokowy ołtarz, rokokowa ambona oraz wykonane z kości słoniowej tabernakulum. W zakrystii znajduje się oryginalne sklepienie kryształowe.

10 marca 1945 roku żołnierze Armii Czerwonej na plebanii kościoła zamordowali stających w obronie kobiet księży Roberta Königa i Franciszka Szynkowskiego oraz rodzinę drugiego z nich. W 2015 odsłonięto tablicę upamiętniającą tę zbrodnię.

Od 1945 roku kościół znajduje się pod opieką franciszkanów konwentualnych. W dniu 3 marca 1973 roku przy kościele został erygowany ich klasztor.

Dekretem biskupa pelplińskiego Jana Bernarda Szlagi z dnia 25 lipca 2010 roku kościół św. Jakuba został ustanowiony Sanktuarium św. Jakuba Apostoła Starszego.