Jest to jeden z najcenniejszych zabytków gotyku i renesansu w Lublinie. Ufundowany został przez Władysława Jagiełłę w 1412 roku jako wotum wdzięczności za zwycięstwo w Bitwie pod Grunwaldem. Wcześniej w tym miejscu stała kaplica pw. Maryi Panny, św. Zofii i św. Barbary. Według legendy wotum króla Jagiełły budowali jeńcy krzyżaccy wzięci do niewoli po zwycięskiej bitwie pod Grunwaldem. Po ukończeniu budowy w 1426 roku król sprowadził zakon brygidek. Wierzono bowiem, że św. Brygida przewidziała upadek zakonu krzyżackiego. Przepowiedziała także, dzielnego władcę, który ukarze Krzyżaków za krzywdy wyrządzone innym narodom chrześcijańskim. Jagiełło odebrał tę przepowiednię bardzo osobiście i dlatego zdecydował się sprowadzić Zakon Najświętszego Zbawiciela do Lublina. Brygidki pozostały tu aż do końca XIX wieku. W XIX w. do świątyni wprowadziły się na krótko siostry wizytki. Wizytki podobnie jak brygidki opuściły klasztor nakazem cara pod koniec XIX wieku. Kościół stał się wówczas kościołem rektoralnym i pozostał nim do dziś.

Do wnętrza świątyni wchodzi się schodami w dół. Spowodowane jest to tym, że poziom gruntu wokół kościoła jest obecnie wyższy, niż miało to miejsce w momencie jej wznoszenia. Świątynia w XV wieku była znacznie wyższa i smuklejsza niż obecnie. Z oryginalnego wnętrza zachowały się jedynie polichromie na poddaszu wykonane w latach 1466-1477 za panowania Kazimierza Jagiellończyka. Przedstawiają wjazd orszaku króla do miasta. W XVII wieku dokonano częściowej przebudowy w stylu renesansu lubelskiego, przez co polichromia stała się niewidoczna dla wiernych. Wyposażenie pochodzi z około 1901 roku. Wykonane zostało w stylu neogotyckim. W stalle wmontowano siedemnastowieczne obrazy przedstawiające życie św. Brygidy. W świątyni znajduje się umieszczony w ołtarzu głównym, ale na co dzień zasłonięty najstarszy obraz, jaki możemy oglądać w Lublinie – postać św. Brygidy, namalowany na desce, pochodzący z pierwszej połowy XV wieku.

W 1967 roku kościół wpisano do rejestru zabytków.

W latach 2010-2012 miał miejsce remont świątyni w rezultacie czego udostępniono dla ruchu turystycznego wieżę wraz z punktem widokowym. Odkryto ponadto 9 krypt, z których 4 udostępniono zwiedzającym.