Pierwszym kościołem w Kętach była drewniana świątynia wybudowana w XIII wieku w miejscu dzisiejszego Kościoła Świętych Małgorzaty i Katarzyny. Kościół w XIV wieku zastąpiła drewniana świątynia, która podczas potopu szwedzkiego została zniszczona w 1657 roku. Do 1685 roku kościół został odbudowany, do odbudowy wykorzystano część murów wcześniejszego kościoła.