Muzeum powołane zostało do życia jako oddział Archiwum Akt Dawnych miasta Krakowa (obecnie Archiwum Narodowe w Krakowie). Muzeum kilkakrotnie zmieniało swoją siedzibę; najpierw znajdowało się w budynku Archiwum przy ul. Siennej, potem w Domu pod Krzyżem (ul. Szpitalna), w Kamienicy Krauzowskiej (ul. św. Jana) i od 1964 roku w Krzysztoforach. Początkowo Muzeum nie eksponowało swoich zbiorów, dopiero w 1952 przy ul. św. Jana została otwarta pierwsza wystawa stała. Jej kolejna odsłona pt. „Z Dziejów i Kultury Krakowa” mieściła się w Krzysztoforach, prezentowała m.in. dawną broń, dzieła sztuki i pamiątki związane z Krakowem, z samorządem miejskim i z cechami. Została ona zamknięta ze względu na remont Pałacu Krzysztofory, który prowadzony był w latach 2016–2021. Obecna wystawa stała, zatytułowana „Kraków od początku, bez końca”, miała swoją inaugurację 18 grudnia 2021 roku.

Od początku swojego istnienia Muzeum dba o kultywowanie lokalnych tradycji, takich jak Lajkonik, bractwo kurkowe czy szopki krakowskie (od 1946 roku jest organizatorem konkursu szopek krakowskich).

Oddziały Muzeum
Pałac Krzysztofory (wystawa stała „Kraków od początku, bez końca”)
Wieża Ratuszowa
Fabryka Schindlera (wystawa stała „Kraków – czas okupacji 1939-1945”)
Apteka Pod Orłem (wystawa stała „Apteka Tadeusza Pankiewicza w getcie krakowskich”)
Ulica Pomorska (wystawa stała „Krakowianie wobec terroru 1939-1945-1956”)
Rynek Podziemny
Synagoga Stara (wystawa stała „Dzieje i kultura Żydów krakowskich”)
Rydlówka
Celestat (wystawa stała „Dzieje Krakowskiego Bractwa Kurkowego i obronność miejska”)
Barbakan
Mury Obronne
Kamienica Hipolitów (wystawa stała „Dom mieszczański”)
Muzeum Nowej Huty z filią Podziemna Nowa Huta
Muzeum Podgórza (wystawa stała „Miasto pod kopcem Kraka”)
Dom Zwierzyniecki
Thesaurus Cracoviensis
Muzeum Ruchu Harcerskiego





Opis skopiowano z wikipedi.
fot. Misieq77, CC BY-SA 4.0 , via Wikimedia Commons