Powierzchnia jeziora wynosi 2604 ha. a głębokość dochodzi do 40 metrów. Niegocin jest trzecim pod względem wielkości akwenem w Krainie Wielkich Jezior Mazurskich.

Jezioro Niegocin to jezioro wytopiskowe typu morenowego, mające zróżnicowane dno z dużą liczbą zagłębień i rozległych płycizn śródjeziornych, brzegi jeziora są przeważnie niskie. Linia brzegowa dobrze rozwinięta, ma 35 km długości.

Na północy Niegocin łączy się z jeziorem Kisajno (część jeziora Mamry) przez kanały. Przepływać między jeziorami można Kanałem Giżyckim lub przez Kanał Niegociński. Na południu przez sieć kanałów i jezior można dopłynąć m.in. do jeziora Tałty i dalej na Jezioro Mikołajskie i Śniardwy.
Przez Niegocin biegnie szlak żeglowny z Giżycka do Mikołajek, Rucianego-Nidy i do Pisza. We wschodniej części jeziora znajduje się wyspa Grajewska Kępa.

Wokół jeziora położonych jest wiele ośrodków wypoczynkowych oraz atrakcyjne miejscowości turystyczne takie jak: Giżycko, Wilkasy, Grajwo, Rydzewo, Bystry i Strzelce.

Liczne przystanie w Giżycku i w Wilkasach są głównym punktem zainteresowania wodniaków uprawiających żeglugę turystyczną.
Rozległa tafla wody umożliwia urządzanie latem regat, natomiast zimą zamarznięta tafla Niegocina jest doskonałym terenem dla miłośników bojerów.
Nad jeziorem jest plaża, kąpielisko, a także port Żeglugi Mazurskiej. Przy Kanale Łuczańskim, (Giżyckim) znajduje się budynek przedwojennego schroniska. Przez jezioro prowadzi także szlak rejsów statków wycieczkowych. W jezioro wcina się długie betonowe molo, a na zachód od niego rozciąga się park.