Fundatorami świątyni byli książęta Pomorza Gdańskiego. Po 1379 roku kościół rozbudowano. W latach 1555–1945 należał do protestantów. Jego patronką jest św. Katarzyna Aleksandryjska z Egiptu.

Wieża ma 76 metrów wysokości i zwieńczona jest barokowym hełmem z 1634 roku. Wewnątrz znajdują się obrazy Antona Möllera i Izaaka van den Blocka, jak również barokowe epitafia i płyta nagrobna astronoma Jana Heweliusza z 1659 roku.

Szczególnym zabytkiem jest znajdujący się tam obraz Matki Boskiej Bołszowieckiej przeniesiony po II wojnie światowej z Sanktuarium w Bołszowcach.

W wieży kościelnej mieści się Muzeum Zegarów Wieżowych, oddział Muzeum Historycznego Miasta Gdańska.

W 2011 roku na wieży zamontowano jedyny na świecie zegar pulsarowy.