Kaplica powstała w latach 1678-1681 z inicjatywy gdańskich katolików z pomocą króla Jana III Sobieskiego. Wzniesiono ją jako kaplicę tymczasowo w czasie, gdy Kościół Mariacki znajdował się w rękach protestantów. Domniemanym architektem kaplicy był Tylman z Gameren, budowniczym Barthel Ranisch, a twórcą wystroju wnętrza Andreas Schlüter.

W 1967 roku została wpisana do rejestru zabytków.