Początki kościoła sięgają poł. XIII w., kiedy powstało prostokątne prezbiterium i 5 przęseł korpusu. Przez dwa stulecia kościół był stopniowo rozbudowywany z dwukrotną zmianą programu przestrzennego (pierwotnie bezwieżowa hala po dobudowaniu wieży i podwyższeniu nawy głównej stała się bazyliką, a po podwyższeniu naw bocznych ponownie halą).

26 kwietnia 1777 nad miastem rozszalała się burza. Jedyne wyładowanie atmosferyczne uderzyło wieżę, która stanęła w płomieniach, a za nią cały kościół. Zdołano wynieść część wyposażenia, lecz nie udało się ugasić ognia, który strawił wieże i dach kościoła. Wkrótce po pożarze zawaliły się sklepienia, niszcząc przy tym ołtarz główny i wiele innych części wyposażenia które pozostało w kościele. W trudnej sytuacji finansowej miasto nie mogło odbudować świątyni do jej pierwotnego wyglądu. Rozebrano wszystkie trzy wieże, kościół obniżono o ponad 6,5 metra i założono barokowe sklepienia żaglaste. Dach trójkalenicowy zastąpiono dwuspadowym. Próbowano nadać wtedy kościołowi wygląd barokowy, poprzez otynkowanie ścian i filarów oraz przemalowanie białą farbą wszystkich polichromowanych w poprzednim okresie rzeźb. W 1790 został zrekonstruowany ołtarz główny. W kościele stopniowo pojawiało się nowe wyposażenie. W 1850 położono w kościele nową marmurową posadzkę. Materiał był sprowadzony z Belgii, z kopalni w Namur i w Dinant. Największa inwestycją tamtego okresu było dobudowanie w latach 1906-1907 (w miejscu zniszczonego przez pożar w 1777 trójwieżowego masywu) nowej wieży. Uroczyste położenie kamienia węgielnego odbyło się 24 października 1906. Z wysokością 95 metrów dołączyła ona do najwyższych wież w całych wschodnich Niemczech, a dziś jest najwyższą kościelną wieżą po prawej stronie Wisły. W jej wnętrzu na pierwszym piętrze urządzono bibliotekę parafialną, mieszczącą około 1500 woluminów w tym wiele z okresu średniowiecza. Wyższe piętra zajmował system napędzający zegar oraz 6 brązowych dzwonów.

W czasie I wojny światowej zarekwirowano wszystkie 6 dzwonów i przeznaczono je na przetop na cele wojenne. Nowe zostały wykonane i zawieszone na wieży w 1928. W 1923 nowym proboszczem kościoła św. Mikołaja został ks. Arthur Kather, który doprowadził do porządkowania i konserwacji wnętrza kościoła. Jego zasługą było umieszczenie w przedsionku kościoła tablicy upamiętniającej poległych parafian w czasie trzech wojen w XIX i XX w.: 1813, 1870-1871 i 1914-1918. W 1915 ks. Kather dokonał remontu i konserwacji obecnej zakrystii pochodzącej z 1402. W tym samym roku rozpoczął przestawianie i konserwację ołtarzy. W czasie tych czynności odkryto cenne gotyckie malowidła z końca XIV w., które również zakonserwowano.

W czasie rządów Adolfa Hitlera w Niemczech ks. Arthur Kather był zagorzałym przeciwnikiem ideologii hitlerowskiej (m.in. odprawiał zakazane nabożeństwa dla mieszkających w Elblągu i okolicach robotników przymusowych), przez co w 1940 został wydalony z Prus Zachodnich na polecenie gauleitera Alberta Forstera.

Podczas zdobywania Elbląga przez Armię Czerwoną (26.01–10.02.1945) katedra została w dniu święta Matki Boskiej Gromnicznej, 2 lutego 1945, doszczętnie wypalona. Pierwszym polskim księdzem, który przyjechał do Elbląga, był ks. Jan Ostrowski, były powstaniec warszawski. W lipcu 1945 r. Ministerstwo Administracji Publicznej skierowało do Elbląga ks. Hilarego Pracz-Praczyńskiego, franciszkanina, który starał się doprowadzić do porządku byłą kaplicę baptystów, gdyż wypalona świątynia nie rokowała nadziei na rychłą odbudowę. 2 kwietnia 1946 r. administrator apostolski diecezji warmińskiej Teodor Bensch skierował do parafii św. Mikołaja ks. Ludwika Białka, ten rozpoczął prace nad szybką odbudową kaplicy.

31 grudnia 1947 przybył nowy proboszcz parafii św. Mikołaja i dziekan w Elblągu, ks. Wacław Hipsz, którego celem była m.in. odbudowa kościoła. 7 maja 1948 ks. Hipsz zorganizował Komitet Odbudowy Zabytkowego Kościoła św. Mikołaja w Elblągu, z zadaniem odbudowy katedry. 25 lipca 1948 rozpoczęto odgruzowywanie świątyni. W kościele ułożono szyny, po których wagonikami wywieziono około 7000 metrów sześciennych gruzu. Codziennie społecznie pracowało po około 25 osób, pomagali uczniowie szkół podstawowych nr 4 i 6, gimnazjum i Liceum Handlowego. Pracowała również młodzież ze Służby Polsce. Z funduszów państwowych wykonano prace przygotowawcze do szalowania pod płytę betonową, która miała w przyszłości stanowić strop katedry. W 1950 zabetonowano strop i uszczelniono go papą bitumiczną. Ważnym wydarzeniem tego roku było zamontowanie trzech dzwonów z uszkodzonego kościoła św. Anny w Elblągu w wyremontowanej konstrukcji stalowej wieży kościoła św. Mikołaja. Otynkowano również w tym roku 1/3 wnętrza tego kościoła. Prześladowanie duchowieństwa nie pozwoliło na kontynuowanie tych prac. 10 lutego 1952 ks. Hipsz otrzymał nakaz opuszczenia Elbląga w ciągu trzech dni i został przeniesiony do Ostródy. Nowego proboszcza długo nie zatwierdzano.

Następcą księdza Hipsza został ksiądz Gracjan Rudnicki, który nie czuł się w Elblągu dobrze; w maju 1954 parafię objął ks. Gedymin Pilecki. Od razu po jej objęciu rozpoczął gromadzenie funduszy na dalszy etap odbudowy kościoła. Z pisma wystosowanego w dniu 8 listopada 1954 do Ministerstwa Kultury i Sztuki wynika, że pragnie odbudować dach na świątyni, przywrócić dawną sylwetkę szacownego zabytku, co wpłynie dodatkowo na wygląd miasta, a ponadto sprawi, że dotychczasowy wkład finansowy państwa w dzieło odbudowy tego kościoła nie ulegnie zaprzepaszczeniu. W związku z tym ks. Pilecki prosi o przydział materiałów budowlanych na sumę 198 620 ówczesnych złotych. Dzień 17 stycznia 1955 przyniósł niespodziewaną klęskę budowlaną kościoła św. Mikołaja. Szalejąca w tym dniu wichura spowodowała wyrwanie trzech okien kościoła, wytłuczenie wielu szyb w innych oknach i zerwanie dachu nad zakrystiami wyposażonymi w oryginalne gotyckie sklepienia.

Ks. Pilecki w roku 1955 zajmując się odbudową dachu nie zaniedbał żadnej okazji, by przejmować z opuszczonych kościołów ich ruchome wyposażenie. W dniu 23 marca 1954 otrzymał decyzją Wydziału do Spraw Wyznań PWRN w Gdańsku z kościoła mennonickiego w Rozgarcie następujące elementy wyposażenia: wrak organowy, 6 ławek, 1 ambonę i 1 nastawę ołtarzową. W tym samym dniu z kościoła poewangelickiego w Nowem otrzymał zniszczony w 80% wrak organowy, ambonę, nadstawę ołtarza, szafę dębową do szat kościelnych oraz wszystkie ławki z tego kościoła. Dalszym terenem działalności ks. Pileckiego były kościoły poewangelickie w Jasnej, Stalewie i Fiszewie. Z Jasnej otrzymał 45 ławek i nadstawę ołtarza, ze Stalewa ambonę i również nadstawę ołtarza i z Fiszewa ołtarz i ambonę. W dniu 28 maja 1955 udało się uzyskać dawny główny ołtarz z Kościoła Trzech Króli z Nowego Miasta w Elblągu. W zamian franciszkanie otrzymali ołtarz drewniany św. Józefa. Uzyskano wiele innych elementów wyposażenia.

W kręgu konserwatorów zabytków pojawiły się opinie głoszące, że wieża kościoła jest zbyt agresywna i należy rozebrać jej stalową konstrukcję. W związku z tym ks. Pilecki doprowadził do powołania komisji fachowców, która orzekła w dniu 29 czerwca 1956, że konstrukcja ta jest unikalna i podlega ochronie, że jest dobrze zachowana i w tym stanie może trwać jeszcze nawet 20 lat. Zdaniem komisji ze wszech stron jest konieczne utrzymanie konstrukcji stalowej hełmu wieżowego w jej obecnym stanie i odtworzenie hełmu zgodnie z wymaganiami konserwatorów zabytków.

Przygotowania do pokrycia kościoła dachem wymagały wymurowania wieńca wokół murów zewnętrznych, co zmusiło ks. Pileckiego do zakupienia 100 000 cegieł w dniu 19 maja 1957. W dniu 8 października tegoż roku wymienił 60 000 cegieł niedawno zakupionych na taką samą ilość cegły z rozbieranego właśnie kościoła w Kadynach. Cegła ta posłużyła do łatania uszkodzonej wieży kościoła. Za zakończenie odbudowy kościoła można uznać rok 1965.

W latach 1969-1989 zamontowano witraże w kościele.



Do najcenniejszych elementów wyposażenia wnętrza należą: gotycka chrzcielnica z brązu z 1387 wykonana przez mistrza Bernhausera, drewniane figury apostołów, wielka gotycka rzeźba św. Mikołaja oraz późnogotyckie ołtarze przeniesione z innych kościołów Elbląga (ołtarze Trzech Króli, słodowników, NMP, flisaków).



Pierwsze organy kościół otrzymał w 1397. W 1404 były już dwa instrumenty organowe w staromiejskiej świątyni. Następna wzmianka o nich pochodzi z roku 1453. Organista otrzymał wynagrodzenie za grę na dwu instrumentach - dużym i małym. Przez kilkaset lat organy były przebudowane i zapewne były chlubą głównego kościoła staromiejskiego.

Wiadomo, że w 1777 spłonęły w pożarze kościoła. Po katastrofie zbudowano mały prowizoryczny instrument. W 1803 ówczesny proboszcz kościoła św. Mikołaja - Valentinus Ganswindt pragnąc zbudować nowe organy, sprzedał wiele cennych części wyposażenia kościoła ukrytych w skarbcu. Prawdopodobnie do budowy nowych organów nie doszło. Dopiero następny proboszcz Andreas Rehaag począł starania o nowsze i lepsze organy. Pierwotnie próbowano nabyć organy z rozbieranego właśnie kościoła pojezuickiego w Braniewie, lecz odstąpiono od tej koncepcji zamawiając w Gdańsku u Arendta nowy, 35 - głosowy instrument. Prace nad budową trwały od 1818 do 1821. Finansowała je kasa kościelna, lecz i społeczność całego miasta Elbląga, która w formie zbiórki uzbierała 993 talary. Protestancki kupiec Gottfried Schiplick ofiarował na ten cel ogromną sumę 2000 talarów. Dzięki temu proboszcz Rehaag mógł w dniu 21 października 1821 uroczyście poświęcić nowe organy.

W 1926 firma organmistrzowska Bruno Göbel z Królewca zbudowała nowy instrument na miejscu starszego. Organy wyposażono w 53 głosy, trzy manuały i pedał.

Organy te zostały zniszczone podczas pożaru katedry 2 lutego 1945. W 1955 ks. Gedymin Pilecki zlecił firmie Zygmunta Pietrzaka z Włocławka rekonstrukcję organów, których szczątki otrzymał z kościoła w Nowem. W listopadzie 1955 komisja rzeczoznawców uznała, że organy zostały wykonane zgodnie z zaleceniami. Instrument posiada trakturę pneumatyczną, jeden miech, dwa manuały + pedał i 26 głosów. Skala manuałów: C-f3. Skala pedału: C-d1. W 2011 dokonano remontu i rozbudowy. W latach 1979-1987 organistą katedry św. Mikołaja był Henryk Gwardak.





Opis skopiowano z wikipedii.
Zdjęcia z zewnątrz: Sławomir Milejski, CC BY-SA 3.0 PL , via Wikimedia Commons
Zdjęcia wnętrza: Aneta Lazurek, CC BY-SA 3.0 PL , via Wikimedia Commons