Historycy wiążą początki zamku z działalnością św. Kingi jako Pani Sądeckiej, identyfikując zamek z warownią o nazwie Wronin, która jest wymieniona w źródłach w 1320 roku. Odpowiada to datowaniu przez archeologów resztek drewnianych budowli i ziemnego wału położonego u północnego podnóża zamku z najstarszej warstwy na 3. ćwierć XIII wieku. W kolejnej fazie datowanej na przełom XIII i XIV w. wzniesiono cylindryczną wieżę w typie stołpu, fundamenty tej wieży odnalezione zostały w czasie prac archeologicznych.

Znaczna rozbudowa zamku miała miejsce za czasów Kazimierza Wielkiego. W tym czasie zamek stał się jednym z ważniejszych założeń obronnych kraju, ze względu na położenie przy rozwidleniu szlaków handlowych, w tym ważnej drogi handlowej i dyplomatycznej na Węgry. Usytuowanie na wyniosłej skale pozwalało na kontrolę znacznej części doliny Dunajca. Zamek pełnił też funkcję komory celnej, a następnie siedziby starostów.

Na lata 70. XV wieku datowana jest kolejna rozbudowa zamku, prawdopodobnie związana z wojną z królem węgierskim Maciejem Korwinem.

Zasadnicza przebudowa miała miejsce w latach 1629-1643. Powstała wówczas m.in. czterokondygnacyjna baszta zwana obecnie basztą Baranowskiego (wówczas starostą zamku był Jan Baranowski herbu Jastrzębiec).

Upadek zamku rozpoczął się od dewastacji przez wojska kozackie w latach 1734-1735, podczas walk o tron pomiędzy Augustem II Sasem i Stanisławem Leszczyńskim. W 1790 roku od uderzenia pioruna spaliły się dachy zamku, co znacznie przyspieszyło jego dewastację. W 1819 roku dobra czorsztyńskie wraz z ruinami zamku zakupiła rodzina Drohojowskich, która władała nimi do 1945 roku.

Nie licząc niewielkich prac prowadzonych przez Drohojowskich, pierwsze prace zabezpieczające ruiny przeprowadziło w latach 1951-1957 Kierownictwo Odnowienia Zamku Królewskiego na Wawelu. W 1992 roku rozpoczęto kompleksowe prace konserwatorskie, które trwają do dziś. Od 1996 roku zamek udostępniony jest dla ruchu turystycznego.

Obecnie zamek jest pod opieką Pienińskiego Parku Narodowego. Po przeciwległej stronie Dunajca, nad skarpą jeziora wznosi się średniowieczny zamek w Niedzicy.

W 1968 roku zamek wpisano do rejestru zabytków.

fot. Anna Saini, CC BY 3.0, via Wikimedia Commons