Przedmiotem ochrony jest wychodnie wapieni dewońskich, Jaskinia Raj z najbogatszą w Polsce szatą naciekową oraz namuliska z cennymi zabytkami archeologicznymi.
W skład rezerwatu, oprócz jaskini, wchodzi też fragment rosnącego w jej otoczeniu około stuletniego boru sosnowego. W podszycie rosną: dąb, grab, leszczyna, berberys i kilka gatunków róż. W runie leśnym występuje wiele gatunków roślin chronionych np. wawrzynek wilczełyko, bluszcz pospolity, widłak jałowcowaty, sasanka łąkowa i lilia złotogłów.

Przez rezerwat przechodzi czerwony szlak turystyczny z Kielc do Chęcin oraz czarny Rowerowy Szlak Architektury Obronnej.