Ogród znajduje się w północnej części Bydgoszczy. Zajmuje obszar około 17,5 ha. w centralnej części Leśnego Parku Kultury i Wypoczynku.

Budowę ogrodu zakończono 19 lipca 1978 roku. Pierwotnie nosił nazwę Ogród Fauny Polskiej. Prezentowano w nim głównie ptaki i ssaki takie jak: bażanty, gołębie, jelenie, dziki, sarny. Wszystkie zwierzęta otrzymano w darze od innych ogrodów zoologicznych. W 1984 roku sprowadzono niedźwiedzie brunatne a w1986 roku – żbiki i rysie. W 1994 roku w Ogrodzie Fauny otwarto Mini Zoo, przeznaczone dla dzieci, w którym przedstawiano popularne gatunki udomowione takie jak: kaczki, gołębie, króliki, kozy, owce. Zamysłem twórców Mini Zoo był bezpośredni kontakt zwiedzającego ze zwierzęciem.
W 1998 roku ogród powiększył się o 2 ha. na których urządzono wybieg dla jeleniowatych. W 2001 roku do parku sprowadzono kozice. Z kolei w 2004 roku powstał dział „Skrawek świata”, prezentujący gatunki wszystkich kontynentów. W ogrodzie pojawiło się wówczas wiele gatunków zwierząt egzotycznych, m.in.:
- zebry,
- kangury,
- szop pracz,
- norka amerykańska,
- szynszyle,
- koszatniczki,
- małpy
- makaki japońskie.

W 2005 roku powstało Mini-terrarium, eksponujące płazy i gady. W 2014 roku otwarto akwarium i terrarium. Znajdują się w nim m.in.:
- gady występujące w różnych środowiskach: pustynnym, lasów tropikalnych, z żółwiami, bezkręgowcami, ekspozycje gryzoni i ssaków owadożernych,
- Wisłarium z panoramicznymi akwariami prezentujące krajowe gatunki ryb, gadów i płazów występujących w polskich rzekach, zwłaszcza w Wiśle,
- ul z żywym rojem pszczelim, umożliwiającym jego obserwację,
- motylarnia z wolno żyjącymi motylami egzotycznymi.

Do Zoo w Bydgoszczy w 2014 roku trafił także tygrys amurski z holenderskiego Zoo.

Obecnie Zoo w Bydgoszczy zamieszkuje ponad 700 okazów ze 130 gatunków kręgowców, a wśród nich 70 podlegających całkowitej ochronie. Znajdują się tu przedstawiciele czterech gromad: ssaków, płazów, ptaków, gadów.

Na wybiegach prezentowane są gatunki dużych ssaków, np.: niedźwiedzie brunatne, wilki, żubry, daniele, muflony.

Najbogatszym działem ogrodu są ptaki, liczące 60 gatunków, wśród których znajdują się: orzeł bielik, jastrząb, sokół wędrowny, myszołów, sowa śnieżna, puszczyki, pawie, bażanty. Z ptaków wodnych: rożeńce, ohary, płaskonosy, cyranki, czernice i inne. Na stawie zaobserwować można m.in. łabędzie, gęsi, kaczki, bociany, czaple.

W Mini Zoo eksponowane są tylko zwierzęta, które nie stanowią jakiegokolwiek zagrożenia dla zwiedzających np.: żółwie, perliczki, kaczki, kury, gęsi, gołębie, pawie, świnie, kozy, owce, osły, świnki morskie oraz młode dziki i sarny.

Z gadów i płazów obejrzeć można m.in. gekona tygrysiego, legwany zielone, pytony królewskie, afrykańskie żaby olbrzymie, węże eskulapa, jaszczurki zwinki, zaskrońce zwyczajne, salamandry plamiste, warany białogarde.