Muzeum powstało z inicjatywy miejscowego lekarza i regionalisty - doktora Janusza Petera, który w prowadzonym przez siebie szpitalu powiatowym zorganizował pierwszą wystawę prywatnych zbiorów. W pięć lat później kolekcja zostało znacjonalizowana. W roku 1975 ekspozycja została przeniesiona do budynku dawnego sejmiku powiatowego i podporządkowano Muzeum Okręgowemu w Zamościu. W 1984 roku Muzeum ponownie zmieniło siedzibę, którą stał się nowo wybudowany Dom Kombatanta. W 1999 roku organem zarządzającym placówką stał się powiat tomaszowski.

Muzeum posiada ekspozycje: historyczną, archeologiczną i etnograficzna. W zbiorach Muzeum znajduje się około 16.000 eksponatów.