Kościół powstał obok istniejącego już szpitala dla ubogich starców, poza murami miasta. Kościół był jednonawową budowlą z prezbiterium. W XVI w. zarząd nad kościołem przejęli rajcy lubelscy. W 1608 roku kościół został odbudowany po dwóch pożarach. Prezbiterium nakryto barokową kopułą, wnętrze ozdobiono sztukateriami.

W drugiej połowie XVII wieku zabudowania szpitalne rozebrano a w ich miejsce wzniesiono klasztor dla karmelitów bosych, którzy właśnie przybyli do Lublina. Świątynia utrzymana była w stylu renesansu lubelskiego. Mieścił się w niej skarbiec, chór i refektarz. W 1642 na obrazie Matki Bożej Dobrej Rady ujrzano łzy. Cudowny obraz znajduje się w kościele do dziś. W 1733 roku miał miejsce kolejny pożar kościoła. Odbudowano go częściowo w stylu barokowym.

W 1803 roku kościół wraz z klasztorem uległ najpoważniejszemu z pożarów. Zakonnicy przenieśli się do klasztoru przy ul. Świętoduskiej, a ruiny zostały sprzedane na licytacji, powstał tu Nowy Ratusz.
Z czasem kościół odbudowano, wieża otrzymała neogotyckie kształty. Wnętrze świątyni utrzymane jest w stylu barokowym. Świątynia przylega do Nowego Ratusza, z całego kompleksu klasztoru karmelitów, zachowała się jedynie mała świątynia.