W momencie utworzenia Muzeum do społeczeństwa wystosowano apel z prośbą o przekazywanie znalezisk i obiektów archeologicznych, które mogłyby być eksponowane w nowej placówce. Dzięki apelowi zbiory Muzeum znacznie się powiększyły m.in. o jeden z najcenniejszych eksponatów – posąg Światowida ze Zbrucza. Niedługo potem Muzeum rozpoczęło własne badania archeologiczne i w ten sposób wzbogaciło się o kolejne eksponaty. Obecnie w zbiorach znajduje się aż 773000 eksponatów.

W miejscu, gdzie obecnie swoją siedzibę ma Muzeum w IX-XIII wieku znajdowały się drewniano-ziemne umocnienia podgrodzia Okół, a od XIV wieku mur obronny miasta. W podziemiach Muzeum i w części ogrodu zachowały się pozostałości umocnień .
W północno-zachodnim narożniku zabudowań oraz pod murem ogrodzenia od strony ul. Poselskiej widoczne są relikty fortyfikacji i baszty Murarzy, przez którą zwiedzający wchodzą do budynku głównego.


Dziś Muzeum prezentuje zarówno wystawy stałe jak i czasowe.
Wystawy stałe:
1. Pradzieje i wczesne średniowiecze Małopolski - eskpozycja prezentująca różne aspekty życia dawnych mieszkańców Małopolski w 12 „odsłonach czasowych”: od człowieka neandertalskiego (70.000 lat temu) po mieszczan średniowiecznego Krakowa (700 lat temu). Do dyspozycji zwiedzających oddano liczne makiety, animacje ukazujące dawne rzemiosła czy rekonstrukcje grobów.
2. Bogowie starożytnego Egiptu - ekspozycja zabytków pochodzących z trzech kolekcji. Pierwsza to sarkofagi z wykopalisk w el-Gamhud prowadzonych w latach 1907–1908, na drugą kolekcję składają się znaleziska z wykopalisk w Gizie (1913). Trzecia, to dar żołnierzy Samodzielnej Brygady Strzelców Karpackich którzy podczas II wojny światowej walczyli w Egipcie.
3. Peruwiańskie zbiory Władysława Klugera - eskpozycja naczyń kolekcji stworzonej przez polskiego inżyniera, Władysława Klugera (1849-1884), który gromadził naczynia, mumie, tkaniny oraz rozmaite wyroby rzemiosła artystycznego ludów zamieszkujących południowoamerykańskie wybrzeże Pacyfiku.
4. Dzieje najstarsze i stare gmachu Muzeum archeologicznego w Krakowie - wystawa poświęcona historii budynku i miejsca, w którym znajduje się muzeum. Na ekspozycji znajduje się m.in. fragment kamiennego muru miejskiego z przełomu XIV i XV wieku i cela śmierci, będąca miejscem kaźni w czasie okupacji niemieckiej.
5. Waza z Bronocic - kopia naczynia odkrytego w Bronocicach, ozdobionego sceną figuralną, przedstawiającą najstarszy na świecie wizerunek wozu.
6. Ogród ceramiki - ekspozycja dzieł wrocławskich artystów.





Zdjęcie: Cancre, CC BY-SA 2.5 , via Wikimedia Commons