Jest to czwarty kościół w historii Starych Szkotów. Poprzednie uległy zniszczeniu podczas oblężeń Gdańska. Wcześniej, stała w tym miejscu świątynia z 1615 roku, spalona przez gdańszczan w 1734 roku podczas oblężenia. Budowę kościoła ukończono w 1755 roku. W 1777 roku przy kościele wzniesiono drewnianą kaplicę, przetrwałą do dziś. Kościół położony był niedaleko Kolegium Jezuickiego, w którym kształcił się Józef Wybicki, autor hymnu państwowego.

W 1807 roku podczas zdobywania Gdańska przez armie Napoleona Bonaparte kościół stracił obie wieże. Podczas II Wojny Światowej zniszczone zostały wszystkie witraże.

Od lat 60. XIX wieku na tyłach kościoła istnieje cmentarz św. Ignacego.

Kościół św. Ignacego Loyoli to budowla w stylu barokowym o charakterze halowym. Posiada trzy nawy. Długość wynosi 53 m, szerokość 24 m. W podziemiach znajduje się krypta z około 200 trumnami, głównie jezuitów.

Na wyposażeniu świątyni znajdują się:
- dziesięć ołtarzy bocznych
- feretron z 1745 roku
- obraz z XVII wieku w ołtarzu głównym przedstawiający Ignacego Loyolę
- krzyż mosiężny z 1709 roku
- relikwiarze z XVIII wieku
- trzystuletni zegar stojący
- drewniany dźwig w formie koła napędzanego siłą mięśni z XVIII wieku
- organy z 1876
- drewniany ołtarz główny, pomalowany w odcień marmuru
- cztery konfesjonały.