Świątynię wzniesiono jako część katolickiego zespołu szpitalnego pod wezwaniem Bożego Ciała. Początkowo mieścił się tu zakład dla trędowatych a następnie przytułek dla chorych i samotnych. Nieoficjalnie mówi się, że zespół powstał około 1350 roku. Pierwsza wzmianka o świątyni pochodzi z 1385 roku. Pierwsza potwierdzona wzmianka o szpitalu i kaplicy pochodzi z 1395 roku. Gotycka kaplica szpitalna rozbudowana została pod koniec XV wieku i pełniła odtąd funkcję prezbiterium powiększonej świątyni. Obecna forma kościoła powstała w wyniku odbudowy po oblężeniu w 1577 roku.

Od 1592 roku świątynia pełniła funkcję ewangelickiego kościoła parafialnego. W latach 1688-1689 wzniesiono barokową nawę po północnej stronie korpusu.

W 1749 roku wybudowano wschodnią wieżę. W 1916 roku świątynia została uszkodzona wskutek uderzenia pioruna. W trakcie II Wojny Światowej kościół został nieznacznie zniszczony - wywieziono organy, zginęły dwa dzwony i mechanizm zegara z wieży, powypadały witraże, ograbiono podziemne krypty. Po 1945 roku część budynków wchodzących w skład zespołu rozebrano, a pozostałe wykorzystano jako domy mieszkalne. Na początku lat. 60. XX wieku świątynia została poddana rewaloryzacji. W 1974 roku świątynię przekazano kościołowi polskokatolickiemu. W 1988 roku kościół wpisano do rejestru zabytków.