Od 1945 roku zbiory etnograficzne gromadzone były w ramach Muzeum Miejskiego w Gdańsku – przemianowanym w 1948 na Muzeum Pomorskie w Gdańsku. W 1958 roku utworzony został dział etnograficzny, początkowo ulokowany w obiekcie należącym niegdyś do Franciszkanów. W 1966 roku zbiory przeniesiono do odbudowanego po zniszczeniach wojennych barokowego Pałacu Opatów. W 1979 roku dział etnografii podniesiono do rangi Oddziału Muzeum Narodowego w Gdańsku, a jego nową siedzibą od 30 maja 1988 roku stał się odnowiony i zaadaptowany na ten cel zabytkowy Spichlerz Opacki położony na terenie Parku Oliwskiego.

Wśród zbiorów znajduje się kilka unikatowych kolekcji jak choćby:
- kolekcja pozaeuropejska, która zawiera broń, rzeźby, ceramikę, ozdoby z terenu Afryki, Ameryki Płd. i Oceanii,
- kolekcja przedmiotów związanych z kulturą osadników zamieszkujących Żuławy do 1945 roku,
- kolekcja zabytków etnograficznych z regionów sąsiadujących z Pomorzem Gdańskim,
- kolekcja przedmiotów, fotografii i archiwaliów przywiezionych przez ludność przesiedloną z dawnych kresów wschodnich II Rzeczypospolitej.

W zbiorach znajduje się ogółem ponad 10.000 eksponatów. Do najcenniejszych niewątpliwie należy kolekcja XVIII, XIX i XX wiecznych mebli ludowych oraz sztuki i rzemiosła, pochodząca głównie z Pomorza Gdańskiego.
Warto zwrócić także uwagę na stałą wystawę "Kultura ludowa Pomorza Gdańskiego" na której eksponowane są m.in. zbiory z zakresu rybołówstwa, rolnictwa, hodowli oraz gospodarstwa domowego. Dział etnografii wystawia także ekspozycje czasowe.

W budynku Spichlerza mieszczą się ponadto: archiwum fotograficzno-etnograficzne, biblioteka etnograficzna zawierająca ponad 4000 pozycji, archiwum kresowe i pracownie merytoryczne.