Początki placówki sięgają 1980 roku, kiedy w ówczesnej Filii Uniwersytetu Warszawskiego w Białymstoku staraniem przyrodnika i badacza Arktyki Andrzeja Myrchy zorganizowano pierwszą wystawę poświęconą przyrodzie Arktyki. W następnych latach organizowane były kolejne wystawy czasowe. W latach 1998-1999 przystosowano pomieszczenia dawnej stołówki na cele muzealne. Na rok przed rozpoczęciem prac adaptacyjnych zmarł Andrzej Myrcha. W uznaniu jego zasług nowo powołane muzeum nazwano jego imieniem. Oficjalne otwarcie miało miejsce 26 października 1999 roku. Od czerwca 2015 roku nową siedzibą placówki jest kampus uniwersytecki przy ul. Ciołkowskiego 1J.

W ramach ekspozycji udostępnione zostały wystawy stałe:
a) Środowiska przyrodnicze północno-wschodniej Polski:
- Puszcza Augustowska,
- Rozlewiska Nadnarwiańskie,
- Bagna Biebrzańskie,
- Pojezierze Suwalsko-Augustowskie,
- Puszcza Knyszyńska,
b) Przyroda rejonów polarnych,
c) Rośliny chronione i charakterystyczne Podlasia,
d) Duże i małe ssaki Podlasia,
e) Filogeneza tkankowców,
f) Minerały i skały,
g) Historia życia na Ziemi.

Przed siedzibą placówki znajduje się lapidarium głazów narzutowych, przyniesionych przez lądolód skandynawski.

Zwiedzanie ekspozycji dostępne jest od poniedziałku do soboty. Wstęp jest bezpłatny. Poza działalnością wystawienniczą Centrum prowadzi działalność naukową i badawczą oraz edukacyjną (lekcje muzealne).